病毒重組是病毒進化的重要驅動力，可導致毒株的毒力、傳播性及抗原性發生顯著改變，對公共衛生構成持續威脅。近年來，新發突發傳染病頻繁出現，許多疫情均由重組病毒引發。因此，開展病毒重組分析不僅有助于揭示病毒起源、進化動態，更是評估流行風險、制定精準防控策略及開發有效疫苗和藥物的科學基礎。

為深入解析病毒基因組重組特征，本文介紹兩款專用分析軟件：RDP4 (Recombination Detection Program version 4) 和 Simplot (version 3.5.1)。RDP4軟件集成了多種統計方法，可系統性地對大量序列進行掃描，靈敏地檢測潛在的重組斷點并鑒定其親本來源。在此基礎上，我們進一步使用Simplot (v3.5.1) 進行可視化驗證，直觀地展示重組區域的一致性，對RDP4的分析結果進行交叉確認與精細呈現。兩款軟件的聯合應用，極大地提高了重組事件檢測的可靠性與準確性。

序列比對：mega（Version 11.0.13）直接下載按步驟安裝在Windows電腦上、ClustalW（使用conda安裝在Linux服務器上）；

重組分析：RDP4和Simplot直接安裝在Windows電腦上。

*文末均有下載鏈接

• 使用ClustalW在服務器上進行比對：速度較快，推薦使用。

RDP4重組分析：

1.將上述對齊后的文件test.meg或test.aln作為輸入文件，加載到RDP4中。

2.在Options命令按鈕中進行參數的設置，一般使用默認參數設置就可以，根據自己的需求，勾選要使用的算法，這里選擇了7種算法：RDP、GENECONV、Chimera、MaxChi、BootScan、SiScan和3Seq進行分析。點擊ok進行確認。

3.直接點擊Run，或選擇自己需要的分析要求進行Run。

4.運行結果：在給出的Event no.4中查看test序列的分析結果，Major parent來自于2的序列，Minor parent來自于9的序列，并且所有的選定算法都是支持的（Detection methods顯示“+”），表明結果分析可靠。

Simplot驗證與可視化：針對RDP4分析挑選出來的結果進行進一步的驗證和可視化。

1.將需要分析的序列保存到新的fasta文件中，這里記為test_sel.fa，進行比對將序列對齊后的結果文件載入到Simplot軟件中，可根據字符數進行Groups的識別。

2.設置參數，SimPlot子界面中將需要分析的目的序列作為Query，其他可設置默認值。

3.點擊DoSimplot或Start Scan進行分析，得到如下結果，橫坐標表示對應的序列位置，縱坐標是序列一致性數值，兩條序列交叉替換的部分可能為重組信號。

4.可對結果圖進行修改，比如點擊線條進行顏色的替換，Options添加網格線，添加位置線，結果顯示在5562nt~12099nt區間內9的序列片段與目的序列test同源性更高。

綜上所述，RDP4與Simplot的聯合應用是病毒重組分析的標準實踐。RDP4軟件負責初步篩查與鑒定潛在的重組事件和斷點，而Simplot則用于對結果進行可視化的驗證與精細呈現。兩者結合，相互印證，極大地增強了重組分析結果的可靠性與準確性，為后續的進化研究和流行病學解讀提供了堅實的數據基礎。